Nahibu : les étapes pour analyser votre échantillon de selles

Nahibu

Schéma du processus d'analyse d'un échantillon par Nahibu

Réception de votre échantillon de selles

À la réception de l’échantillon par Nahibu, un premier contrôle qualité de ce dernier est effectué.

Si l’échantillon rempli toutes les conditions il sera stocké à une température permettant de le conserver intact. Il partira ensuite en séquençage dans notre laboratoire partenaire. À réception des échantillons, le laboratoire effectuera un nouveau contrôle qualité pour garantir l’intégrité des selles reçus.

L’extraction d’ADN

L’ADN présent dans l’échantillon est extrait selon un protocole précis. Cette étape cruciale nécessite la plus grande précision car elle peut impacter les résultats.  Une fois l’ADN extrait, un nouveau contrôle qualité est effectué afin de garantir la pureté de l’ADN mais aussi une présence suffisante pour garantir un séquençage optimal.

Le séquençage

Cette nouvelle étape passée, les ADNs sont préparés pour le séquençage. Le séquençage haut débit est réalisé sur des fragments de taille homogène, appelés librairies, présentant à leurs extrémités de courtes séquences appelées étiquettes permettant de définir l’origine des fragments lors du séquençage simultanée de plusieurs échantillons, la fixation sur un support solide et l’initialisation de la réaction de séquençage. La préparation de librairies est effectuée par fragmentation. Ici, le matériel génétique est dans un premier temps découpé en fragments de différentes tailles. La fragmentation peut être mécanique, chimique ou enzymatique. Une sélection des fragments est réalisée suivant leur taille. La dernière étape consiste en l’ajout d’étiquettes aux extrémités des fragments sélectionnés.

L’interprétation des résultats

Une fois l’échantillon séquencé, Nahibu reçoit les données sous forme brute issues de ce séquençage. Il s’agit d’une suite de différents morceaux (on parle de lectures (ou read) : une suite de ATGC) du métagénome du microbiote sur des fichiers pouvant peser plusieurs Gigaoctets. 

Une pré-analyse est réalisée afin, encore une fois, de contrôler la qualité du séquençage. Si le contrôle est validé, l’analyse se poursuit.

À partir des gènes identifiés, nous déterminons les espèces présentes dans votre microbiote, c’est ce qu’on appelle l’analyse taxonomique. Pour cette étape, nous faisons appel à différent logiciels utilisés couramment en analyse métagénomique. Les résultats de ces logiciels nous permettent de déduire la richesse (le nombre d’espèces différentes présentes) ainsi que l’entérotype (le « type » de bactéries le mieux représenté dans votre microbiote).

Enfin, les gènes présents dans le microbiote sont regroupés en grande famille fonctionnelles appelés « modules fonctionnels » selon leur impact sur les voies métabolique de l’organisme.

Réception de vos résultats d’analyse

Une fois toute ces étapes accomplies, vos résultats sont disponibles dans votre espace personnel Nahibu. 

 

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