Métagénomique ADNr 16S vs métagénomique Shotgun (méthode d’analyse utilisée par Nahibu)

La métagénomique est la méthode de séquençage permettant l’étude de la composition du microbiote. Ces dernières années, l’évolution rapide des technologies de métagénomique a rendu possible la caractérisation de nombreuses communautés microbiennes présentes et notamment le microbiote intestinal. Deux méthodes de séquençage sont utilisées pour étudier le microbiote: le séquençage de l’ADNr 16S et la métagénomique shotgun. Contrairement au séquençage de l’ADNr 16S qui cible uniquement un seul gène, la métagénomique shotgun, aussi appelée métagénomique totale, étudie l’ensemble du génome des bactéries présentes dans l’échantillon. Cette technique de séquençage fournit ainsi un niveau d’information plus précis au niveau de la taxonomie des micro-organismes séquencés. En effet, cette méthode permet, non pas de travailler au niveau genre bactérien comme pour le cas du séquençage ADNr 16S, mais d’avoir une cartographie du microbiote intestinal plus fine au niveau espèce voire même souche bactérienne. La métagénomique shotgun offre également la possibilité d’extraire le contenu en gènes fonctionnels de chaque génome de micro-organismes séquencés et ainsi de fournir des informations sur le potentiel fonctionnel du microbiote.